Marii beneficiari de subvenții în agricultură sunt membrii asociațiilor UniAgroProtect, FNF Moldova și Agroinform. Aceste trei asociații au cei mai mulți membri și drept urmare au beneficiat de cele mai multe subvenții din partea statului. În 2016 cei 3300 de membri au primit aproximativ 400 milioane de lei din Fondul de subvenționare a producătorilor agricoli.
Expertul IDIS Viitorul, Viorel Chivriga, remarcă în cadrul emisiunii „15 minute de realism economic” că activitatea AIPA s-a îmbunătățit, mai cu seamă pe partea asigurării transparenței și informării părților interesate. În același timp expertul atrage atenția faptul că Regulamentul care stabilește modul de repartizare a Fondului de subvenționare încă nu a fost publicat în Monitorul Oficial, chiar dacă suntem la mijlocul anului. Regulamentul care descrie cum sunt împărțiți banii pentru agricultori întârzie în fiecare an, din cauza Guvernului nehotărât.
Pentru a îmbunătăți mecanismul de acordare a subvențiilor, Viorel Chivriga recomandă evaluarea cantitativă și calitativă a impactului subvenționării asupra dezvoltării sectorului agroalimentar. Acesta propune utilizarea unui spectru mai larg de indicatori, care să ilustreze efectul real al susținerii financiare din partea statului: creșterea productivității și volumului de producere, cifra de afaceri, valoarea producției exportate, locuri noi de muncă, sporirea calității producției.
Începând cu 2017, regulamentul de subvenționare va fi adoptat o dată la 5 ani, pentru a asigura previzibilitate pentru agricultori. Din datele publicate de Agenția de Intervenții și Plăți în Agricultură observăm că numărul de agricultori care beneficiază de subvenții este relativ constant în ultimii ani: între 4000 și 5000 de beneficiari.
După forma de organizare juridică cei mai mulți beneficiari sunt gospodăriile țărănești: 2031 în 2016. Aceștia au primit în total aproape 146 de milioane lei. Următorii în top sunt societățile cu răspundere limitată: 1860 beneficiari care au primit peste 353 milioane lei. Societățile pe acțiuni care desfășoară activitatea în domeniul agricol au primit peste 31 milioane de lei, fiind 164 de beneficiari.
În Republica Moldova sunt înregistrate peste 290.000 de gospodării țărănești de fermier și doar puțin peste 2000 au depus și primit subvenții de la stat.
Pentru a primi bani de la stat agricultorii trebuie să treacă prin 3 etape: să depună dosarul la Agenția de Intervenții și Plăți în Agricultură cu documentele solicitate, după care este verificată investiția la fața locului, apoi este examinată cererea de subvenție și autorizată plata.