După 23 august 1944 sovieticii au făcut tot posibilul să readucă în URSS pe basarabenii care încercau să se ascundă în România. Dincolo de ocean, CIA urmărea evoluția acestui proces, care s-a extins și dincolo de limitele legale – conform documentelor desecretizate recent de principala agenție de spionaj a SUA.
După cedarea Basarabiei în urma ultimatumului Uniunii Sovietice din 1940 peste 68.000 de persoane au ales să se stabilească în dreapta Prutului – aceasta fiind cifra oficială, în realitate au fost mult mai mulți refugiați. În 1944 peste 100.000 de basarabeni au ales să fugă din fața armatelor sovietice – toți acești oameni au fost vânați mai apoi pentru a fi readuși în Uniunea Sovietică.
Repatrierea s-a făcut în baza articolului 5 din Convenția de armistițiu încheiată la 12 septembrie 1944 – statul român urma să contribuie la identificarea și trimiterea peste Prut a refugiaților basarabeni. Conform dosarelor Comisiei Române pentru aplicarea Armistiţiului în perioada 23 august 1944 – 30 septembrie 1946 au fost astfel „repatriaţi“ 38.352 de basarabeni, 8.198 de bucovineni şi 9.900 de români de la Est de Nistru (români transnistreni) – un total de 56.450 de persoane (sursa).
Mulți dintre aceștia au ajuns să fie considerați ”dușmani ai poporului” și să fie deportați în Siberia în anii următori. Conform mărturiilor celor care au suferit direct acest rpoces al ”repatrierii” în URSS majoritatea românilor basarabeni erau momiți cu promisiunea unei vieți minunate în paradisul sovietic – însă cei mai mulți au preferat să respingă oferta (sursa). În general basarabenii refugiați în România au preferat să se ascundă și nu au dorit să plece în Uniunea Sovietică.
Prevederile Convenției de Armistițiu din 1944 și-au încetat valabilitatea în 1947 o dată cu încheierea păcii – când ar fi trebuit să se oprească și procesul ”repatrierii” românilor basarabeni. Însă informațiile din dosarele CIA dovedesc că sovieticii au continuat vânătoarea de basarabeni și după această dată.
Astfel, o notă informativă din 15 noiembrie 1949 afirma că autoritățile de la București au refuzat să emită noi documente de indentitate persoanelor născute în Basarabia, acestora urmând să li se aplice prevederile unui act normativ necunoscut prin care ar fi trebuit să se întoarcă în Uniunea Sovietică. O altă notă informativă a CIA din 29 noiembrie 1949 confirma informația din nota anterioară, subliniind că repatrierea în Uniunea Sovietică urma să fie obligatorie.
În iulie 1950 ofițerii CIA aflaseră că autoritățile sovietice de la Chișinău pregătiseră liste cu persoane originare din stânga Prutului rămase în România pe care intenționau să le ceară de la autoritățile române. Pe 26 iunie 1951 o altă notă informativă a CIA anunța că oficiul consular sovietic de la București prelungise pe termen nedefinit formalitățile de repatriere a basarabenilor rămași în România. În martie 1953 ofițerii CIA aflaseră de existența în București a unei Comisii pentru Repatrierea Cetățenilor Sovietici care căuta în continuare români basarabeni rămași în dreapta Prutului pentru a-i aduce în Uniunea Sovietică. După această dată chestiunea nu mai apare în dosarele CIA.